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加州大学圣地亚哥分校钟声教授应邀到福建省药物新靶点研究重点实验室进行学术讲座
作者:福建省药物新靶点研究重点实验室  来源:厦门大学  浏览数:21  发布时间:2019-01-08 09:37:57

 

 

    12月25日下午,加州大学圣地亚哥分校生物工程系钟声教授应邀莅临福建省药物新靶点研究重点实验室,作了题为“Systematic mapping of RNA-chromatin interactions in vivo”的学术讲座。重点实验室刘文教授主持了讲座。刘教授首先对钟声教授的到来表示了诚挚的感谢和热烈的欢迎,继而介绍了其取得的一系列重要研究成果。

    讲座上钟声教授提出MARGI(映射RNA-基因组相互作用)的方法,这是一种大规模揭示未受干扰的细胞的天然RNA-染色质相互作用的技术。该技术的要点是通过邻近连接将染色质相关的RNA(caRNA)与其靶基因组序列连接,形成RNA-DNA嵌合序列,将其转化为测序文库进行配对末端测序。该课题组利用MARG1技术制作了人胚胎干细胞(ESC)和人胚肾(HEK)细胞的RNA-基因组相互作用图谱,并且利用MARGI技术揭示了数百种caRNA,包括先前已知的XIST,SNHG1,NEAT1和MALATL,以及每种caRNA的基因组相互作用基因座。通过跨物种实验,估计大约2.2%的MARGI鉴定的相互作用是假阳性。在ESC和HEK细胞中,通过MARGI技术的检测,结果显示与其相应DNA末端的位置相比,超过5%的RNA末端被定位到远端或染色体间位置。大多数转录起始位点与远端或染色体间caRNA相关。根据染色质免疫沉淀测序(ChlP-seq)报告结果显示H3K27ac和H3K4me3水平呈正相关,而根据显示RNA附着水平的MARGI报告,结果表明H3K9me3是呈负相关。MARGI技术将有助于揭示新的RNA功能及其基因组靶区域。

    钟声是加州大学圣地亚哥分校生物工程系教授,同时担任美国国立卫生研究院共同基金四维核体组织中心 (NIH Common Fund 4D Nucleome Organizational Hub) 主任和美国医学与生物工程院会士 (AIMBE Fellow)。他主要研究基因调控如何影响细胞行为。实验室通过开发新的生物技术来绘制分子网络,包括RNA-RNA 相互作用组,RNA-DNA相互作用组和蛋白质相互作用组, 进而开发基于核酸的体外检测方法和治疗技术。他在《自然》,《细胞》等杂志上发表了多篇文章。他的工作两次被《自然》杂志以研究亮点和研究工具的形式进行评价。他获得过美国国家卫生局局长先锋奖(NIH Director’s Pioneer Award), 美国国家卫生局局长创新者奖(NIH Director’s New Innovator Award), 美国国家自然基金CAREER奖,斯隆奖。